Résumé n°PJ_02

Comparaison de kits et d’automates de quantification de l’ARN VHD à partir d’un panel de référence pangénomique

A. Gerber, V. Delagarde*, P. Leloup, E. Gordien, F. Le Gal, S. Brichler (Bobigny)

Introduction :
Le virus de l’hépatite delta (VHD) est responsable d’une maladie hépatique grave. La quantification de la charge virale (CV) ARN-VHD est essentielle pour évaluer la sévérité de la maladie et l’efficacité du traitement antiviral. Les techniques disponibles ont des performances très inégales du fait de la diversité génétique du VHD. Les résultats de comparaison des performances de kits et automates de quantification de la CV VHD à partir d’un panel pangénomique de référence sont ici rapportés.

Patients et méthodes / ou matériel et méthodes :
Un panel de référence de 24 échantillons de plasma, de génotype et de CV divers, dont des contrôles négatifs, a été constitué et conservés à -80°C en aliquotes de 1 mL. Les CV étaient la moyenne des valeurs obtenues en triplicata par le kit pangénomique Eurobioplex EBX-004. Nous avons d’abord comparé 4 pipelines complets recommandés par différents fabricants. Puis, nous avons comparé les performances du kit d’amplification EurobioPlex version EBX-071 sur le thermocycleur CFX96, à partir d’échantillons d’ARN extraits à l’aide de quatre automates différents. Les calculs des résultats de quantification ont pris en compte, selon les recommandations indiquées pour chacune des différentes techniques d’extraction, les volumes de plasma à extraire et les volumes d’élution de l’ARN.

Résultats :
Le panel de référence comprenait deux échantillons négatifs, huit échantillons VHD-1 (d’origine africaine et européenne), trois échantillons VHD-2, deux échantillons VHD-4, trois échantillons VHD-5, deux échantillons VHD-6, deux échantillons VHD-7 et deux échantillons VHD-8 positifs, avec des CV allant de 2 à 5 log UI/mL (quantifiés avec le kit EurobioPlex EBX-071). Les résultats qualitatifs étaient concordants pour tous les échantillons sur les 4 pipelines. Les résultats quantitatifs étaient très similaires entre les kits EurobioPlex EBX-071 (Eurobio), RealStar HDV RT-PCR v1 (Altona) et RoboGene HDV RNA Quantification Kit 3.0 (AG Roboscreen), avec une différence moyenne < 0,2 log UI/mL, quels que soient le génotype VHD et la CV. Cependant, le kit EurobioPlex EBX-004 (Eurobio) surestimait systématiquement la CV d’environ 1 log UI/mL. Considérant les différentes méthodes d’extraction des acides nucléiques, les résultats de quantification de la CV montraient des différences de -0,1, +0,2 et +0,5 log UI/mL, respectivement pour EasyMag, Cobas 4800 et QiaSymphonySP comparés à ceux obtenus avec l’automate m2000sp (Abbott) utilisé en routine.

Conclusion :
Nos résultats indiquent que des résultats standardisés de CV VHD peuvent être obtenus avec différents kits et pipelines actuellement disponibles. Cependant, tous les kits ne sont pas équivalents et plusieurs facteurs peuvent influencer les résultats finaux. L’utilisation d’un même panel de référence constitue un outil de choix pour la standardisation de la quantification de la CV VHD.

Les auteurs déclarent avoir un conflit d’intérêt